Son poids, sa morphologie osseuse et les extrapolations quant aux potentielles attaches musculaires faisaient probablement de lui un herbivore placide, malgré la présence de quatre piques osseuses ornant le bout de sa queue, dont la longueur pouvait atteindre le mètre. La double rangée de plaques osseuses qu’il portait sur le dos n’avait que peu de valeur défensive mais servait probablement à réguler sa température corporelle, à l’image des voiles telles qu’on pouvait en trouver chez le dimétrodon.
En effet, des vaisseaux sanguins, encore visibles sur les fossiles, irriguaient ces plaques : il est probable qu’elles possédaient des fonctions de régulation thermique.
Stégosaurus fut originellement décrit avec les plaques recouvrant son corps (d’ou son nom de “lézard toit” dont les plaques étaient semblables a des tuiles).Ce n’est que plus tard, avec la découverte de spécimens plus complets, mieux préservés, que l’animal fut représenté avec des plaques droites sur le dos.